Crkva sv. Mihajla nalazi se na malom brijegu sjeveroistočno od Stona. Spada u red malih (4.38 x 2.51 m) dalmatinskih crkvenih građevina 9. do 11./12. stoljeća. Unutrašnjost crkve nekada je u potpunosti bila prekrivena freskama, ali je nažalost zbog ratova, potresa i izloženosti vremenskim neprilikama većina fresaka uništena. Ipak, i danas su u cijelosti očuvane dvije freske: Jedna prikazuje kralja/ktitora sa modelom crkve u rukama, dok druga prikazuje sv. Jurja. Značajna je kruna na glavi vladara koja ide u red kruna hrvatskih vladara prvog stupnja, kao i ukrasi na plaštu vladara s starohrvatskom ornamentikom. Osim fresaka, crkva je bila ukrašena i bogato ornamentiranim kamenim namještajem od kojeg se većina danas čuva u Lapidariju. Iako je crkva uslijed stradanja i obnova ponešto izmijenila svoj izvorni izgled, svakako spada u red vrjednijih očuvanih starohrvatskih sakralnih građevina.
Na malenoj uzvisini zvanoj „Lužina“, južno od današnjeg Stona nalazi se crkva Marije Velike u narodu poznatije pod nazivom „Gospa od Lužina“. Naziv lužina potječe od latinskog naziva za biljku kaljužnicu koja raste na ovom močvarnom području. Sadašnja crkva izgrađena je na prijelazu 13. u 14. stoljeća, a Dubrovačka republika detaljno je obnavlja kao maticu za poljsku župu oko 1528. godine. Crkva je jedno vrijeme služila i kao sjedište Stonskog biskupa. U crkvi i oko nje pronađen je velika količina ulomaka ukrašenih pleternom ornamentikom koji upućuju da je u blizini današnje crkve ili ispod nje postojala neka ranija građevina. Ulomci se čuvaju u Lapidariju. U crkvi su freske za koje se čini da su iz kasnijeg vremena.
Crkva sv. Marije Magdalene, u narodu poznatije kao crkva sv. Mandaljene nalazi se na uzvisini Gorica u stonskom polju. Crkva je tijekom godina doživjela mnoge preinake pa je teško utvrditi njezin izvoran oblik i izvršiti dataciju. U crkvi i oko nje osim sarkofaga i grobova nisu pronađeni kameni ulomci , ali po načinu gradnje kombinacijom opeke i kamena, upućuju na to da je najstariji dio građevine nastao u 6. st. Do 14. Stoljeća ovo je župna crkva i katedrala Stona. U Lapidariju se čuva freska iz ove crkve. Nažalost, danas su od crkve ostale samo ruševine. Razlog tomu je svakako uz zub vremena i bombardiranje tijekom Drugog svjetskog rata koje je gotovo u potpunosti uništilo crkvu.
Izgradnjom Stona na današnjoj lokaciji 1342. Godine počela se graditi i katedralna crkva sv. Vlaha (sada novog zaštitnika Grada jer do sada je to bila sv. M. Magdalena). Crkva je posvećena 1345. g. Ova crkva, s manjim preinakama, bila je u funkciji do potresa 1667. godine, koji je uz Dubrovnik pogodio i Ston. Odlukom dubrovačkog senata, na mjestu srušene crkve, izgradila se nova. Međutim, i ovu je crkvu srušio potres 1843., nakon čega je donijeta odluka da se gradi potpuno nova, sada župna crkva, križnog tlocrta. Crkva je izgrađena 1875. god. Popravljana je nekoliko puta, a nakon teškog i razornog potresa 5.9.1996. god. opet se iz temelja obnavlja i produljena je za 4 metra. Iako njezina obnova još uvijek traje, stonski se puk vratio u svoju crkvu na dan svog zaštitnika sv. Vlaha 3.2.2017. god. Uz srebrom i zlatom ukrašeni zavjetni kip sv. Vlaha, u crkvi se štuje iznimno vrijedna slika Bogorodice s djetetom od A.Rica de Candia (1422 – 1492), kao i moćnik svetaca iz 17. stoljeća.
Dubrovačka Republika poziva franjevce iz Bosne i gradi samostan i crkvu sv. Nikole u romaničko-gotičkom stilu s elementima renesanse. Crkva je posvećena 1389., a samostan 1484. godine. Objekti su više puta stradavali i ponovno obnavljani. Jedno vrijeme su tuđinske vojske i crkvu i samostan upotrebljavali u vojne svrhe. Danas su u samostanu Sestre Bezgriješnog začeća.
Crkva sv. Nikole ukrašena je gotičkim portalima i reljefima sv. Nikole i Bogorodice. Sačuvano je orginalno drveno krovište s gotičkim motivima isprepletenog užeta. U crkvi su dobro očuvani grobovi s jasno čitljivim natpisima i grbovima. Najpoznatije umjetničko djelo u crkvi je oslikano drveno raspelo Blaža Jurjeva Trogiranina iz 15. stoljeća, koje je nažalost zbog stanja crkve nedavno prenešeno u samostan Male braće u Dubrovnik. Jednako tako i drveni kip sv. Nikole.
Župna crkva sv. Antuna op. izgrađena je kao znatno manja crkva 1394. godine. Proširena je 1686. godine. Izduženog je oblika s četvrtastom apsidom a s južne strane nalazi se kapelica. Uz crkvu je sagrađena Luža sa zvonima. Najstarije zvono je iz 1470. godine. U crkvi je masivni kip sv. Antuna op. iz 16. st. kao i oltarni kip sv. Antuna iz 18. st. te slika raspeća Kristova.
Crkva je iz 16. stoljeća. Više puta obnavljana.
Crkva je iz 12. stoljeća. Uz crkvu je 1404. godine podignut i samostan u kojem su danas sestre Bezgriješnog začeća.
Crkva i groblje iz 16. stoljeća.
Crkva i groblje iz 16. stoljeća.
Crkvu gradi Henrik iz Mantove 1464.g.
Crkva i groblje iz 16. St.
Nekadašnja župna crkva u Polju. (Ston je nekad bio podjeljen na dvije župe.) U podrijemu ispred crkve su zvona iz 1528.g.
Crkva je više puta pregrađivana i nije poznata godina prve crkve.
Navještenje BDM. Nekada dominikanski samostan s crkvom. Današnja crkva građena 1884. godine.
Crkva sagrađena 1615. godine.